交大二附中創辦于1994年，是一所由上海交通大學和閔行區人民政府共同規劃創辦的公辦初中。學校毗鄰上海交通大學閔行校區，充分依托上海交通大學教育資源進行辦學。 2017年3月，上海交大附中及其閔行分校校長徐向東博士兼任交大二附中校長及書記。目前學校由交大附中閔行分校全面接管。一年來，從學校管理、課程設置到師資配備等各方面都得到了交大附中及其閔行分校的大力支持，學校精神面貌煥然一新，辦學效果顯著上升，受到師生和家長好評。

學校秉承交大附中“依托交大，內實外名”的辦學策略和“思源致遠，創生卓越”的辦學理念，繼承發揚“求實、求高、求新”的辦學精神，努力將交大二附中建設成具有科技與藝術特色的高品質大學附屬初級中學，充分實現初中、高中和大學各學段人才培養“無縫銜接”的理想追求。